تشتمل الموسوعة على جميع ما ورد عن النبي ﷺ والصحابة والتابعين وتابعيهم في تفسير القرآن الكريم؛ معزوًا إلى مصادره الأصلية، التي تعدت كتب التفسير المسندة إلى جميع الكتب المسندة في الحديث والعقيدة والسير والتراجم والفقه، وتتضمن تعليقات: ابن جرير، وابن عطية، وابن تيمية، وابن القيم، وابن كثير على الأحاديث والآثار الواردة في التفسير؛ سواء بتوضيحها أو شرحها أو توجيهها… وقد رتبت أحاديث وآثار الموسوعة تاريخياً حسب الطبقات، ثم صنِّفت موضوعياً، بدءا بالقراءات، فالنزول، فالنسخ، فالتفسير، فالأحكام، ثم الآثار المتعلقة بالآية مما سوى ذلك. وبين يدي أحاديث وآثار الموسوعة مدخل في بيان منهج الموسوعة في الجمع والترتيب والصياغة، ومنهجها في إيراد تعليقات الأئمة الخمسة المذكورين على أحاديث التفسير وآثاره، وفي توثيق النصوص وخدمتها، وتخريج الأحاديث، ثم بحوث في التفسير المأثور في: تعريفه وبيان أهميته ومصادره وأنواعه وحجيته، وتاريخه، وأصحابه (مفسري السلف) ومراتبهم، وعناية الأئمة الخمسة به، ومنهجهم في التعامل معه، ومنهج المحدثين في نقد مروياته. استغرق كل ذلك المجلد الأول من الموسوعة. وقد ذُيِّلت الموسوعة بعشرة أنواع من الفهارس استغرقت المجلد الأخير.
